Im 18. Jahrhundert diente das Enniskillen Castle als Burgkaserne. Noch heute ist diese Epoche ein großes Thema im Burgmuseum. Das Wahrzeichen von Enniskillen ist jedoch das Watergate. Mit seinen Doppeltürmen bildet es ein markantes Bauwerk der Burg. Der Name ist irreführend, da es nie ein Tor zum Wasser hin gab. William Cole ließ es 1614 erbauen, um sein neues Herrenhaus zu präsentieren. Gleich daneben befindet sich das scheunenartige Militärmuseum.
Darin stehen Panzer von Daimler mit Rolls-Royce-Motoren. Ein Teil ist den armen Kriegspferden gewidmet. Selbst moderne Armeen waren noch Mitte des 20. Jahrhunderts von den Pferden abhängig. Die Britische Armee versorgte einst über sechs Millionen Tiere. Viele von ihnen starben an Hunger, Krankheit, Kälte und Erschöpfung. Im Durchschnitt verlor die Armee jährlich 15 Prozent ihrer Pferde.