Den wirtschaftlichen Aufschwung erlebte Ciarán nicht mehr. Nur vier Jahre nach der Klostergründung verstarb er im Alter von 33 Jahren. Mit der Wahl des Standorts hatte er jedoch die Weichen für eine glänzende Zukunft gestellt. So kreuzen sich bei Clonmacnoise mehrere schon im Mittelalter bedeutende Straßen. Daneben erwies sich die Lage am Fluss Shannon als vorteilhaft. Clonmacnoise entwickelte sich zu einem geistlichen, geistigen und auch handwerklichen Zentrum Irlands. Insbesondere ab dem 10 Jahrhundert entstanden immer wieder neue Kapellen und Kirchen auf dem Areal.
Im 11. Jahrhundert verfasste ein Diener im Scriptorium das «Lebor na hUidre», das Buch der dunkelfarbigen Kuh. Es ist die älteste erhaltene Sammelhandschrift in altirischer Sprache. Der Name rührt daher, dass der Schreiber die Texte auf dem Pergament der Lieblingskuh des Heiligen Ciarán schrieb und dafür von diesem verflucht wurde. Weder er noch seine Kinder durften auf dem Klosterfriedhof bestattet werden. Daneben belegen etliche weitere Schriftstücke und die in den Werkstätten hergestellten Bischofsstäbe, Reliquienbehälter und vieles mehr die Bedeutung des Klosters.